Если питание диска не дефектное, то без разницы. ( внешнее тоже может оказаться дефектным, теоретически).
Я сравнивал только флешку и внутренний накопитель. Разницы не было. Но это можно трактовать и хорошо и плохо. Может питание ноута как у флешки. Думаю поэкспериментировать с транспортом.